摘要
为了解淀山湖主要鱼类群落的种类组成和多样性特征,利用环境DNA技术对淀山湖鱼类进行物种多样性分析。结果显示,从淀山湖10个站点的环境DNA样本中共检测出7目、12科、36属、43种鱼类,其中6月(夏季)共检测出24种,11月(秋季)32种,大部分种类在淀山湖传统渔业资源调查中均有出现。其中,刀鲚(Coilia nasus)、鲫(Carassius auratus)、大(Acheilognathus macropterus)、翘嘴红鲌(Culter alburnus)、鲻鱼(Mugil cephalus)为主要优势种。α多样性分析表明,淀山湖秋季的Chao1指数、Observed species指数、Shannon多样性指数、Simpson指数和Pielou均匀度指数平均值都高于夏季的平均值,表明秋季鱼类物种相对丰富,多样性较高。站点间鱼类物种差异分析表明,多样性和丰富度较高的站点为S1、S2、S3、S5,均为初级生产力较高、人为干扰较小的站点。研究表明,环境DNA技术检测灵敏度高,可以作为淀山湖鱼类物种多样性调查的有效补充手段。
淀山湖是上海市最大的淡水湖泊,上接太湖流域,出水经黄浦江流入长江口下泄至东海,拥有丰富的鱼类资源。鱼类作为种类最为丰富的脊椎动物类群,是指示生态系统承载状况的重要因素。淀山湖作为上海内陆渔业生产最集中的水域,拥有丰富的渔业资源,除了淡水鱼类,还有包括日本鳗鲡(Anguilla japonica)在内的一些江海洄游性鱼
鱼类多样性是水生生物多样性的重要组成,保护鱼类多样性有利于水生态系统的恢复与稳
目前对淀山湖渔业资源的调查主要利用拖网、刺网等方
研究样本为2020年6月和11月采自淀山湖的水样,两次采样共设置10个站点(
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图1 环境DNA采样站点
Fig.1 Environmental DNA sampling site
扩增所用引物为MiFish-U-F:5'- GTTGGTAAATCTCGTGCCAGC-3',MiFish-U-R:5'-CATAGTGGGGTATCTAATCCTAGTTTG-3',该引物位于12S rRNA基因的一个高变
测序原始数据以FASTQ格式保存,并根据序列质量进行初步筛查;对问题样本进行重测、补测。使用Vsearch(v2.13.4_linux_x86_64),cutadapt(v2.3)软件对原始双端测序数据进行拼接、去重,再按照97%相似度水平聚类为可操作分类单元(Operational taxonomic unit,OTU)。OTU序列分别在NCBI:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/和MitoFish:http://mitofish.aori.u-tokyo.ac.jp/mifish进行比对作物种分类学注释。统计各样本不同分类水平各自含有的分类单元的数量,并在种水平上对优势物种做进一步分析。使用QIIME2软件,R语言进行α多样性分析,分别计算各站点的Chao1指数、Simpson指数、Observed species指数、Shannon指数和Pielou’s evenness指数。Chao1指数和Observed species指数用于体现群落物种的丰富度,Shannon指数和Simpson指数用于反映群落物种的多样性,Pielou’s evenness指数用于反映群落物种的均匀度和生物量差异。
测序的原始数据经筛选后共获得高质量序列7 149 155条。eDNA样本的高通量测序统计结果如
样本编号 Sample ID | 输入 Input | 拼接 Merged | 过滤 Filtered | 去除嵌合体 Nonchimeric | 去除稀有个体 Nonsingleton |
---|---|---|---|---|---|
S1-Nov. | 83 627 | 71 652 | 70 943 | 64 780 | 64 748 |
S2-Nov. | 78 220 | 70 764 | 69 289 | 62 494 | 62 454 |
S3-Nov. | 87 158 | 79 841 | 78 744 | 73 687 | 73 664 |
S4-Nov. | 93 245 | 84 618 | 83 760 | 81 015 | 80 999 |
S5-Nov. | 86 317 | 73 896 | 71 723 | 63 824 | 63679 |
S6-Nov. | 90 490 | 86 844 | 85 911 | 85137 | 85 117 |
S7-Nov. | 88 650 | 80 090 | 79252 | 73 787 | 73 761 |
S8-Nov. | 85 011 | 80 629 | 79 586 | 77 650 | 77 637 |
S9-Nov. | 87 866 | 83 659 | 82 857 | 82 129 | 82 114 |
S10-Nov. | 85 560 | 79 283 | 78 200 | 76 342 | 76 320 |
S1-Jun. | 80 905 | 74 602 | 73 789 | 65 854 | 65 810 |
S2-Jun. | 66 281 | 60 637 | 58 547 | 42 938 | 42 804 |
S3-Jun. | 68 606 | 63 757 | 62 523 | 55 418 | 55 318 |
S4-Jun. | 75 152 | 68 032 | 66 928 | 61 237 | 61 161 |
S5-Jun. | 74 922 | 69 100 | 68 244 | 63 826 | 63 735 |
S6-Jun. | 65 816 | 61 272 | 60 496 | 56 910 | 56 802 |
S7-Jun. | 75 046 | 69 547 | 67 343 | 57 896 | 57 765 |
S8-Jun. | 84 192 | 72 083 | 71 235 | 62 869 | 62 835 |
S9-Jun. | 74 704 | 67 887 | 66 405 | 58 579 | 58 518 |
S10-Jun. | 77 596 | 65 298 | 63 888 | 52 567 | 52 457 |
注: 表中输入、拼接、过滤、去除嵌合体以及去除稀有个体为对原始测序数据的质量过滤流程。
Notes: Input, splicing, filtering, removal of chimeras and removal of rare individuals in the table are the quality filtering processes for the original sequencing data.
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图2 不同采样站点6月和11月物种α多样性指数稀疏曲线
Fig.2 Sparse curves of α diversity index at different sampling sites in June and November
共检测出淡水鱼类43种(
科 | 属 | 种 | 拉丁名 | 6月OTU丰度/条 | 11月OTU丰度/条 |
---|---|---|---|---|---|
Family | Senera | Specie | Latin name | OTU abundance in June/reads | OTU abundance in November/reads |
鳗鲡科 | 鳗鲡属 | 日本鳗鲡 | Anguilla japonica | 0 | 14 |
鳀科 | 鲚属 | 短颌鲚 | Coilia brachygnathus | 5 168 | 0 |
刀鲚 | Coilia nasus | 2 453 | 105 | ||
鲱科 |
斑![]() |
斑![]() | Konosirus punctatus | 11 062 | 12 169 |
鲤科 |
刺鳑![]() |
兴凯![]() | Acanthorhodeus chankaensis | 0 | 4 |
![]() |
大鳍![]() | Acheilognathus macropterus | 8 633 | 0 | |
斜方![]() | Acheilognathus rhombeus | 6 | 0 | ||
鲫属 | 鲫 | Carassius auratus | 58 | 25 495 | |
日本鲫 | Carassius cuvieri | 0 | 10 | ||
鲌属 | 红鳍鲌 | Chanodichthys erythropterus | 85 | 2 | |
蒙古鲌 | Chanodichthys mongolicus | 0 | 2 | ||
达氏鲌 | Chondrichthyes dabryi | 0 | 553 | ||
草鱼属 | 草鱼 | Ctenopharyngodon idella | 0 | 4 | |
鲌属 | 翘嘴红鲌 | Culter alburnus | 174 | 62 529 | |
鲤属 | 鲤 | Cyprinus carpio | 5 | 211 | |
颌须![]() |
细纹颌须![]() | Gnathopogon taeniellus | 0 | 6 077 | |
![]() |
![]() | Hemiculter leucisculus | 3 | 0 | |
鲢属 | 鲢 | Hypophthalmichthys molitrix | 11 | 0 | |
鳙 | Hypophthalmichthys nobilis | 0 | 2 | ||
鲂属 | 团头鲂 | Megalobrama amblycephala | 1 384 | 0 | |
似刺鳊![]() |
似刺鳊![]() | Paracanthobrama guichenoti | 0 | 176 | |
![]() |
尖头大吻![]() | Phoxinus oxycephalus | 0 | 5 | |
似鳊属 | 似鳊 | Pseudobrama simoni | 3 | 78 | |
蛇![]() |
长蛇![]() | Saurogobio dumerili | 0 | 49 | |
黄鲫属 | 黄鲫 | Setipinna tenuifilis | 0 | 43 | |
鳅科 | 副鳅属 | 红尾副鳅 | Homatula variegata | 0 | 13 855 |
后鳍花鳅属 | 后鳍花鳅 | Niwaella delicata | 0 | 128 | |
鲿科 | 黄颡鱼属 | 黄颡鱼 | Tachysurus fulvidraco | 101 | 27 |
光泽黄颡鱼 | Pelteobagrus nitidus | 160 | 0 | ||
拟鲿属 | 乌苏里拟鲿 | Pelteobagrus ussuriensis | 0 | 2 173 | |
鲻科 | 鲻属 | 鲻鱼 | Mugil cephalus | 45 856 | 2 |
![]() |
下![]() |
间下![]() | Hyporhamphus intermedius | 1 613 | 0 |
![]() | 花鲈属 | 花鲈 | Lateolabrax maculatus | 3 806 | 147 |
鲷科 | 黑鲷属 | 黑棘鲷 | Acanthopagrus schlegelii | 0 | 3 935 |
丽鱼科 | 罗非鱼属 | 尼罗罗非鱼 | Oreochromis niloticus | 728 | 146 |
虾虎鱼科 | 刺虾虎鱼属 | 矛尾复虾虎鱼 | Acanthogobius hasta | 5 966 | 0 |
钝尾虾虎鱼属 | 六丝钝尾虾虎鱼 | Amblychaeturichthys hexanema | 1 962 | 2 159 | |
捷虾虎鱼属 | 圆头捷虾虎鱼 | Drombus globiceps | 0 | 5 988 | |
锯鳞虾虎鱼属 | 裸颊锯鳞虾虎鱼 | Priolepis inhaca | 0 | 2 | |
吻虾虎鱼属 | 真吻虾虎鱼 | Rhinogobius similis | 7 238 | 454 | |
鳗虾虎鱼属 | 鲡形鳗虾虎鱼 | Taenioides anguillaris | 2 824 | 0 | |
缟虾虎鱼属 | 双带缟虾虎鱼 | Tridentiger bifasciatus | 15 619 | 0 | |
孔虾虎鱼属 | 孔虾虎鱼 | Trypauchen vagina | 0 | 522 |
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图3 淀山湖水域OTU划分和分类地位鉴定结果统计
Fig.3 Statistics of OTU division and classification taxon identification in the Dianshan Lake
本研究将OTU丰度排名前10位的鱼类物种定义为淀山湖的优势物种,如、大
、真吻虾虎鱼、花鲈、矛尾复虾虎鱼(
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图4 各采样站点优势鱼类物种组成统计
Fig.4 Statistics of the composition of dominant fish species at each sampling station
11月的优势物种分别为翘嘴红鲌、鲫、红尾副鳅、斑、尖头大吻
、细纹颌须
、圆头捷虾虎鱼、黑棘鲷、乌苏里拟鲿、六丝钝尾虾虎鱼(
样品编号 | α多样性指数 α diversity index | ||||
---|---|---|---|---|---|
Sample ID | Chao1 | Observed_species | Pielou_e | Shannon | Simpson |
S1-Jun. | 51.12 | 38.50 | 0.421 1 | 2.217 4 | 0.606 2 |
S2-Jun. | 33.26 | 27.00 | 0.562 2 | 2.670 9 | 0.780 8 |
S3-Jun. | 36.88 | 29.50 | 0.782 7 | 3.821 1 | 0.912 3 |
S4-Jun. | 50.93 | 32.00 | 0.669 8 | 3.344 1 | 0.877 1 |
S5-Jun. | 33.20 | 24.90 | 0.684 4 | 3.171 6 | 0.852 8 |
S6-Jun. | 39.60 | 34.70 | 0.651 1 | 3.330 2 | 0.844 5 |
S7-Jun. | 48.36 | 33.90 | 0.732 5 | 3.719 4 | 0.898 2 |
S8-Jun. | 23.33 | 12.90 | 0.145 3 | 0.525 3 | 0.141 4 |
S9-Jun. | 39.69 | 25.20 | 0.608 3 | 2.828 0 | 0.790 1 |
S10-Jun. | 48.52 | 42.10 | 0.287 5 | 1.550 6 | 0.392 0 |
S1-Nov. | 245.65 | 213.00 | 0.583 6 | 4.513 7 | 0.915 7 |
S2-Nov. | 262.78 | 243.10 | 0.583 7 | 4.626 0 | 0.924 3 |
S3-Nov. | 277.47 | 227.50 | 0.518 1 | 4.056 3 | 0.868 0 |
S4-Nov. | 180.42 | 129.30 | 0.533 6 | 3.742 9 | 0.911 2 |
S5-Nov. | 664.74 | 656.10 | 0.641 5 | 6.002 8 | 0.948 1 |
S6-Nov. | 162.46 | 138.40 | 0.450 5 | 3.203 9 | 0.817 9 |
S7-Nov. | 249.21 | 213.70 | 0.437 0 | 3.382 0 | 0.829 0 |
S8-Nov. | 170.97 | 119.90 | 0.197 1 | 1.360 8 | 0.361 7 |
S9-Nov. | 168.71 | 141.90 | 0.267 3 | 1.910 5 | 0.573 6 |
S10-Nov. | 248.15 | 230.50 | 0.453 6 | 3.560 1 | 0.790 0 |
10个采样站点各样本中共有和特有OTU比例如
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图5 淀山湖水域不同采样站点共有OTU的花瓣图
Fig.5 Petal chart of OTU shared by different sampling stations in the Dianshan Lake
本研究在采样过程中同时开展了相关站点的刺网和拖网的调查,两种传统调查方法调查仅统计渔获物种类,共捕获22种鱼类,eDNA分析得到43种鱼类(、草鱼和鳙仅被eDNA方法调查得到;仅有4种鱼类是传统方法捕获而未被eDNA检测到的,分别为黑鳍鳈、华鳈、太湖新银鱼、香
。
环境DNA方法 eDNA method | 环境DNA方法 eDNA method | 传统调查方法 Traditional investigation method |
---|---|---|
日本鳗鲡* Anguilla japonica | 红尾副鳅Homatula variegata | 日本鳗鲡* Anguilla japonica |
乌苏里拟鲿* Pelteobagrus ussuriensis | 鲻鱼Mugil cephalus | 红鳍鲌* Chanodichthys erythropterus |
黄颡鱼* Tachysurus fulvidraco |
间下![]() | 蒙古鲌* Chanodichthys mongolicus |
光泽黄颡鱼* Pelteobagrus nitidus | 花鲈Lateolabrax maculatus | 翘嘴红鲌* Culter alburnus |
斑![]() | 黑棘鲷Acanthopagrus schlegelii | 达氏鲌* Chondrichthyes dabryi |
后鳍花鳅Niwaella delicata | 尼罗罗非鱼Oreochromis niloticus | 鲤* Carassius auratus |
兴凯![]() | 矛尾复虾虎鱼Acanthogobius hasta | 鲢* Hypophthalmichthys molitrix |
大鳍![]() | 六丝钝尾虾虎鱼Amblychaeturichthys hexanema | 鲫* Carassius auratus |
斜方![]() | 圆头捷虾虎鱼Drombus globiceps |
大鳍![]() |
鲫* Carassius auratus | 裸颊锯鳞虾虎鱼Priolepis inhaca | 似鳊* Pseudobrama simoni |
日本鲫* Carassius cuvieri | 真吻虾虎鱼Rhinogobius similis |
长蛇![]() |
红鳍鲌* Chanodichthys erythropterus | 鲡形鳗虾虎鱼Taenioides anguillaris | 黄颡鱼* Tachysurus fulvidraco |
蒙古鲌* Chanodichthys mongolicus | 双带缟虾虎Tridentiger bifasciatus | 光泽黄颡鱼* Pelteobagrus nitidus |
达氏鲌* Chondrichthyes dabryi | 孔虾虎鱼Trypauchen vagina | 刀鲚* Coilia nasus |
草鱼Ctenopharyn godonidella |
似刺鳊![]() | 双带缟虾虎鱼* Tridentiger bifasciatus |
翘嘴红鲌* Culter alburnus |
尖头大吻![]() | 子陵吻虾虎鱼* Rhinogobius Giurinus |
鲤* Cyprinus carpio | 似鳊* Pseudobrama simoni |
兴凯![]() |
细纹颌须![]() |
长蛇![]() | 乌苏里拟鲿* Pelteobagrus ussuriensis |
![]() | 短颌鲚Coilia brachygnathus | 太湖新银鱼Neosalanx taihuensis |
鲢* Hypophthalmichthys molitrix | 刀鲚* Coilia nasus |
香![]() |
鳙Hypophthalmichthys nobilis | 黄鲫Setipinna tenuifilis | 黑鳍鳈Sarcocheilichthys nigripinnis |
团头鲂Megalobrama amblycephala | 华鳈Sarcocheilichthys sinensis |
注: *表示传统调查方法和eDNA均检测出的物种。
Notes: *Indicates species detected by both traditional survey and eDNA methods.
淀山湖是上海地区最大的淡水湖泊,上接太湖流域来水,出水经黄浦江流入长江口下泄至东海,拥有丰富的鱼类资源。由于水质恶化、水利设施阻断鱼类的洄游通道等原因,淀山湖的生态环境遭到破坏,湖内天然鱼类群落结构也受到影响,鱼类多样性降低。近年来,渔政部门采取增殖放流等一系列举措以养护淀山湖的渔业资源。因此,开展淀山湖鱼类群落结构和多样性研究,可以为相关鱼类物种的保护和合理利用提供参考资料,进一步实现淀山湖生态系统的科学管理。本研究利用eDNA技术进行淀山湖鱼类多样性调查,该技术灵敏性高且无损伤,是一种行之有效的渔业资源调查工
本研究在淀山湖10个站点的样本中共检测出12科,36属,43种鱼类(、鲫、红鳍原鲌、刀鲚、光泽黄颡鱼等,多数物种在本次eDNA分析中均有出现。从季节变化上看,淀山湖夏季检测的鱼类物种数量为24种,低于秋季的32种,且α多样性结果也显示秋季的丰富度与多样性均高于夏季,原因可能是由于夏季是淀山湖增殖放流高峰期,且放流物种多为淀山湖的常见物种,人为的干扰导致其他小种群数量相对变少,在调查中不容易检测到,这与淀山湖近两年的传统调查结果相
与淀山湖历史传统渔业资源调查相比,存在一些报道较少的鱼类,如短颌鲚、青鱼、尖头大吻、日本鲫等。其中一些鱼类通过传统的形态学方法进行鉴定或区分会存在一定的偏差,比如同属于鲚属的短颌鲚与刀鲚主要根据上颌骨长度等界限不甚清晰的形态特征进行区分,随着人们在巢湖、太湖等通江湖泊发现刀鲚淡水定居性种群,江海洄游性物种刀鲚与内陆淡水种类短颌鲚在生态学上的差异变得模糊,因此仅根据形态学方法来区分近缘种有一定的局限
、花鲈等种类在水中行动迅速,不易被拖网捕获。综上,形态学鉴定的偏差与渔具的选择性导致部分物种在淀山湖传统的渔业资源调查中报道较少,而eDNA方法有效检测到这些物种的存在,表明eDNA技术不仅可以实现快速、高效鱼类监测,还具有较高的灵敏性,eDNA可作为传统调查方法的补充。此外,在eDNA检测中出现了大青鲨(Prionace glauca)、黄鳍金枪鱼(Thunnus albacares)、巨须裂腹鱼(Schizothorax macropogon)等远洋和国内其他流系的种类,在淀山湖历史渔业资源调查中未见报
在近20年的调查中,大量研究认为受到渔业过度捕捞、水环境污染及江河水坝拦阻等因素的影响,淀山湖的鱼类群落受到较大程度的干扰,已经发生明显变化,鳗鲡(Anguilla japonica)、暗纹东方鲀(Takofugu obscurus)、花鲈(Lateolabrax maculatus)、鲻鱼、鳡鱼(Elopichthys bambusa)等江海洄游性鱼类和优质稀有鱼类已几乎不可
此外α多样性指数结果表明, 6月样品S1-Jun.、S3-Jun.鱼类多样性和丰富度较高,11月样品S1-Nov.、S2-Nov.、S5-Nov.的多样性和丰富度较高,分别对应站点S1、S2、S3与S5。其中,站点S1、S2、S3丰富的多样性可能与水生植物的多样性有关。草型湖泊因水生植物存在,群落空间异质性程度高且饵料生物的多样性好,故鱼类多样性丰
本研究首次利用eDNA技术分析了淀山湖不同季节的鱼类物种多样性,采样站点基本覆盖整个湖区,获得了丰富的鱼类物种信息,检测到的44种鱼类包含多种江河洄游性鱼类和优质稀有鱼类。eDNA技术的便捷、经济、高效以及无损性使其在淀山湖的生物多样性研究中具有良好的应用前景。但本研究仍有不足,对比传统方法,因公共数据库收录的淀山湖物种并不全面,造成本次检测中部分物种的缺失,建议对淀山湖常见鱼类进行测序,建立一个针对淀山湖本地鱼类的专有数据库,从而进行更精确的多样性检测。同时,为扩大检测物种覆盖面、平衡引物特异性,可采用多重分子标记的方法,使用多对引物进行扩增检测。
参考文献
曾正荣, 袁永坤, 孙建国. 淀山湖生物资源调查研究[C]//上海市湿地利用和保护研讨会论文集. 上海: 中国水利学会, 2002: 105-112. [百度学术]
ZENG Z R, YUAN Y K, SUN J G. Investigation of biological resources in Dianshan Lake[C]//Proceedings of Shanghai Symposium on Wetland Utilization and Protection. Shanghai: Chinese Hydraulic Engineering Society, 2002: 105-112. [百度学术]
陶洁, 戴小杰, 田思泉, 等. 淀山湖野生鱼类群落多样性与生长特性研究[J]. 湖南农业科学, 2011(7): 137-141. [百度学术]
TAO J, DAI X J, TIAN S Q, et al. Community diversity and growth characteristics of wild fishes in Dianshan Lake[J]. Hunan Agricultural Sciences, 2011(7): 137-141. [百度学术]
DUFFY J E. Why biodiversity is important to the functioning of real-world ecosystems[J]. Frontiers in Ecology and the Environment, 2009, 7(8): 437-444. [百度学术]
NOOR N M, DAS S K. Effects of elevated carbon dioxide on marine ecosystem and associated fishes[J]. Thalassas: An International Journal of Marine Sciences, 2019, 35(2): 421-429. [百度学术]
伦凤霞, 肖群, 李强. 2000—2020年淀山湖富营养程度变化分析[J]. 环境污染与防治, 2023, 45(6): 805-808, 816. [百度学术]
LUN F X, XIAO Q, LI Q. The eutrophication variation analysis of Dianshan Lake from 2000 to 2020[J]. Environmental Pollution and Control, 2023, 45(6): 805-808, 816. [百度学术]
施玮, 吴和岩, 赵耐青, 等. 淀山湖水质富营养化和微囊藻毒素污染水平[J]. 环境科学, 2005, 26(5): 55-61. [百度学术]
SHI W, WU H Y, ZHAO N Q, et al. Eutrophication and pollution level of microcystin in Dianshan Lake[J]. Environmental Science, 2005, 26(5): 55-61. [百度学术]
康丽娟. 淀山湖富营养化进程及水生态效应研究[J]. 环境科学与管理, 2020, 45(6): 171-174. [百度学术]
KANG L J. Study on eutrophication process and water ecological effect of Dianshan Lake[J]. Environmental Science and Management, 2020, 45(6): 171-174. [百度学术]
王小庆. 淀山湖沉积物中重金属元素分布特征及其季节变化[J]. 环境科学与技术, 2005, 28(6): 106-108. [百度学术]
WANG X Q. Heavy metals partitioning and seasonal variation in lake sediments[J]. Environmental Science and Technology, 2005, 28(6): 106-108. [百度学术]
孙菁煜, 戴小杰, 朱江峰, 等. 淀山湖鱼类多样性分析[J]. 上海水产大学学报, 2007, 16(5): 454-459. [百度学术]
SUN J Y, DAI X J, ZHU J F, et al. Analysis of the fish species diversity in Dianshan Lake[J]. Journal of Shanghai Fisheries University, 2007, 16(5): 454-459. [百度学术]
李昊轩, 邓文博, 郭茜茜, 等. 3种鲌亚科鱼类对不同禁捕策略的响应[J]. 上海海洋大学学报, 2023, 32(4): 841-851. [百度学术]
LI H X, DENG W B, GUO Q Q, et al. Response of three cultrinae fishes to different fishing ban strategies[J]. Journal of Shanghai Ocean University, 2023, 32(4): 841-851. [百度学术]
BONAR S A, MERCADO-SILVA N, HUBERT W A, et al. Standard methods for sampling freshwater fishes: opportunities for international collaboration[J]. Fisheries, 2017, 42(3): 150-156. [百度学术]
SAKATA M K, WATANABE T, MAKI N, et al. Determining an effective sampling method for eDNA metabarcoding: a case study for fish biodiversity monitoring in a small, natural river[J]. Limnology, 2021, 22(2): 221-235. [百度学术]
BOHMANN K, EVANS A, GILBERT M T P, et al. Environmental DNA for wildlife biology and biodiversity monitoring[J]. Trends in Ecology & Evolution, 2014, 29(6): 358-367. [百度学术]
LEVY-BOOTH D J, CAMPBELL R G, GULDEN R H, et al. Cycling of extracellular DNA in the soil environment[J]. Soil Biology and Biochemistry, 2007, 39(12): 2977-2991. [百度学术]
HUANG S Q, YOSHITAKE K, WATABE S, et al. Environmental DNA study on aquatic ecosystem monitoring and management: Recent advances and prospects[J]. Journal of Environmental Management, 2022, 323: 116310. [百度学术]
OGRAM A, SAYLER G, BARKAY T. The extraction and purification of microbial DNA from sediments[J]. Journal of Microbiological Methods, 1987, 7(2/3): 57-66. [百度学术]
FICETOLA G F, MIAUD C, POMPANON F, et al. Species detection using environmental DNA from water samples[J]. Biology Letters, 2008, 4(4): 423-425. [百度学术]
李晨虹, 凌岚馨, 谭娟, 等. 环境 DNA 技术在水生生物监测中的挑战、突破和发展前景[J]. 上海海洋大学学报, 2023, 32(3): 564-574. [百度学术]
LI C H, LING L X, TAN J, et al. Challenge, breakthrough and future perspectives of environmental DNA technology in monitoring aquatic organisms[J]. Journal of Shanghai Ocean University, 2023, 32(3): 564-574. [百度学术]
PORT J A, O’DONNELL J L, ROMERO-MARACCINI O C, et al. Assessing vertebrate biodiversity in a kelp forest ecosystem using environmental DNA[J]. Molecular Ecology, 2016, 25(2): 527-541. [百度学术]
ANDRUSZKIEWICZ E A, STARKS H A, CHAVEZ F P, et al. Biomonitoring of marine vertebrates in Monterey Bay using eDNA metabarcoding[J]. PLoS One, 2017, 12(4): e0176343. [百度学术]
ZOU K S, CHEN J W, RUAN H T, et al. eDNA metabarcoding as a promising conservation tool for monitoring fish diversity in a coastal wetland of the Pearl River Estuary compared to bottom trawling[J]. Science of the Total Environment, 2020, 702: 134704. [百度学术]
MIYA M, SATO Y, FUKUNAGA T, et al. MiFish, a set of universal PCR primers for metabarcoding environmental DNA from fishes: detection of more than 230 subtropical marine species[J]. Royal Society Open Science, 2015, 2(7): 150088. [百度学术]
HARPER K J, GOODWIN K D, HARPER L R, et al. Finding crush: environmental DNA analysis as a tool for tracking the Green sea turtle Chelonia mydas in a marine estuary[J]. Frontiers in Marine Science, 2020, 6: 810. [百度学术]
韩婵, 高春霞, 田思泉, 等. 淀山湖鱼类群落结构多样性的年际变化[J]. 上海海洋大学学报, 2014, 23(3): 403-410. [百度学术]
HAN C, GAO C X, TIAN S Q, et al. Analysis of annual variations for fish community structure in Dianshan Lake[J]. Journal of Shanghai Ocean University, 2014, 23(3): 403-410. [百度学术]
党莹超, 戴小杰, 吴峰. 淀山湖鱼类群落结构季节性变化分析[J]. 水产科学, 2021, 40(3): 361-368. [百度学术]
DANG Y C, DAI X J, WU F. Seasonal variations in fish community structure in the Dianshan Lake[J]. Fisheries Science, 2021, 40(3): 361-368. [百度学术]
邵严, 唐文乔, 龚珑, 等. 上海淀山湖及黄浦江上游鱼类物种多样性及群落结构分析[J]. 长江流域资源与环境, 2022, 31(7): 1482-1493. [百度学术]
SHAO Y, TANG W Q, GONG L, et al. Analysis of fish species diversity and assemblage of Dianshan Lake and upper reaches of Huangpu River in Shanghai[J]. Resources and Environment in the Yangtze Basin, 2022, 31(7): 1482-1493. [百度学术]
张燕萍, 贺刚, 王生, 等. 基于线粒体DNA D-loop序列分析刀鲚与短颌鲚的遗传多样性[J]. 江苏农业科学, 2017, 45(20): 59-63. [百度学术]
ZHANG Y P, HE G, WANG S, et al. Genetic diversity analysis of Coilia ecilia and Coilia brevignathus based on mitochondrial DNA D-loop sequence[J]. Jiangsu Agricultural Sciences, 2017, 45(20): 59-63. [百度学术]
CRISTESCU M E, HEBERT P D N. Uses and misuses of environmental DNA in biodiversity science and conservation[J]. Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics, 2018, 49(1): 209-230. [百度学术]
KNEBELSBERGER T, DUNZ A R, NEUMANN D, et al. Molecular diversity of Germany’s freshwater fishes and lampreys assessed by DNA barcoding[J]. Molecular Ecology Resources, 2015, 15(3): 562-572. [百度学术]