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    • 罗氏沼虾诺达病毒套式RT-PCR检测方法的建立及初步应用

      2012, 21(1):54-59.

      关键词:罗氏沼虾诺达病毒;白尾病;衣壳蛋白基因;套式RT-PCR;快速检测
      摘要 (3625)HTML (0)PDF 1.14 M (3010)收藏

      摘要:罗氏沼虾诺达病毒(Macrobrachium rosenbergii nodavirus, MrNV)是世界动物卫生组织规定必需上报的罗氏沼虾白尾病(white tail disease, WTD)的主要病原体。为建立快速检测MrNV的套式RTPCR方法,根据GenBank上发表的MrNV衣壳蛋白基因序列设计2对特异性引物,对PCR条件进行优化后通过特异性试验和敏感性试验检测其特异性和敏感性。结果表明:该方法能特异性地扩增出205 bp的MrNV衣壳蛋白基因片段,最佳引物浓度为0.8 μmol/L、退火温度为56 ℃、Mg2+浓度为2.0 mmol/L,而对其他对虾病毒基因组均没有扩增出条带;检测MrNV的灵敏度大约为RT-PCR的103倍,最低可检测到2.612×10-2fg MrNV RNA。应用套式RT-PCR和一步法RTPCR同时对108份来自广西各地的罗氏沼虾临床样品进行检测,其中套式RTPCR共有9份检出MrNV,而一步法RT-PCR仅有3份检出MrNV。由此可见,建立的套式RT-PCR检测方法具有极高的特异性和敏感性,能提高MrNV的阳性检出率,可用于MrNV急性感染和隐性感染的早期诊断,为WTD的临床检测、流行病学调查、进出口检疫和实验室研究提供可靠的技术手段。

    • 鲤CYR61基因的克隆、表达及系统进化树的构建

      2012, 21(3):321-330.

      关键词:鲤;CYR61 ;克隆;分子系统进化树;半定量RTPCR;实时荧光定量PCR; 基因表达
      摘要 (3819)HTML (0)PDF 2.51 M (2841)收藏

      摘要:通过鲤(Cyprinus carpio)基因组序列与斑马鱼(Danio rerio)CYR61基因编码区全序列的比对得到了CYR61 A、CYR61 B和CYR61 C共3条序列。分别克隆、测序得到其开放阅读框(Open Reading Frame, ORF)分别是1 158 bp、1 053 bp、1 107 bp,CYR61 A和CYR61 C得到完整编码区,都是由5个外显子和4个内含子构成,分别编码385、368个氨基酸,其理论等电点值分别是7.83、8.54,分子量(Mw值)分别为42.55 ku、40.83 ku。鲤3个CYR61 基因具有高度同源性,并且均含IB、vWC、TSP1、CT 4个模块。分子系统学分析表明鲤CYR61 基因与其他物种CYR61 基因具有高度同源性,且CYR61 C与其他高等物种的CYR61同源性更高,利用MEGA 5.0计算出CYR61 A、 CYR61 B和CYR61 C的分化时间早于鲤和斑马鱼的物种分化。CYR61 C在13个组织中均有表达,在卵巢中表达最高,肠、脑、鳃次之,在其他组织中表达较低且在心脏中表达最低。CYR61 A在精巢、肠、鳃中表达较高。CYR61 B在精巢和脑中表达最高,肠、肌肉、卵巢次之。实时荧光定量PCR分析CYR61 3个复制在鲤胚胎发育时期的表达,都是在0 h相对表达量最高,显著降低至18 h或24 h,随后逐渐升高并在6 d时下降。

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