米氏凯伦藻18S rDNA和转录间隔区序列分析

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米氏凯伦藻18S rDNA和转录间隔区序列分析
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CSTR:
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作者:
                        
                        
                    
作者单位:郑俊斌,ZHENG Jun-bin(中国水产科学研究院东海水产研究所,农业部海洋与河口渔业资源及生态重点开放实验室,上海,200090;上海海洋大学水产与生命学院,上海,201306);张凤英,马凌波,陆亚男,ZHANG Feng-ying,MA Ling-bo,LU Ya-nan(中国水产科学研究院东海水产研究所,农业部海洋与河口渔业资源及生态重点开放实验室,上海,200090)
作者简介:
通讯作者:
中图分类号:
基金项目:上海市科学技术委员会科研计划项目，中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金(中国水产科学研究院东海水产研究所)资助项目

Sequence analysis of Karenia mikimotoi based on ribosomal 18S rDNA and internal transcribed space regions

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对赤潮多发藻米氏凯伦藻(Karenia mikimotoi)核糖体18S rDNA及其转录间隔(ITS) 区序列PCR扩增并测序,获得18S rDNA和ITS基因序列长度分别为1 690 bp和654 bp.结合12种甲藻和1种硅藻作序列比较分析,分别在ITS1、ITS2序列寻找到适宜设计特异性引物探针区域,并用邻接法构建系统进化树,研究各藻种间亲缘关系.遗传距离分析结果显示米氏凯伦藻与短凯伦藻(Karena brevis)、微小卡罗藻(Karlodinium micrum )等分类学上较近的藻种18S rDNA序列相似度为97%～99%,远大于微小原甲藻(Prorocentrum minimum)、海洋原甲藻(P.micans)、塔玛亚历山大藻(Alexandrium tamarense)等在分类学上相距较远的藻种,各藻种间的ITS序列平均相似度明显低于18S rDNA序列.以18S rDNA与ITS序列构建的进化树拓扑结构相一致,18S rDNA序列相对保守,适合进行属以上关系的系统进化分析,而ITS序列变异较大,适合种属间鉴别分析,且ITS1和ITS2是变异很大的区域,适合种间的分子特异性鉴定,这为快速鉴别赤潮多发藻米氏凯伦藻提供了依据,进而为治理赤潮提供帮助.

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郑俊斌,张凤英,马凌波,陆亚男.米氏凯伦藻18S rDNA和转录间隔区序列分析[J].上海海洋大学学报,2009,(6).
ZHENG Jun-bin, ZHANG Feng-ying, MA Ling-bo, LU Ya-nan. Sequence analysis of Karenia mikimotoi based on ribosomal 18S rDNA and internal transcribed space regions[J]. Journal of Shanghai Ocean University,2009,(6).

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在线发布日期: 2015-10-19
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