为了解瓯江彩鲤红、白两种体色差异的分子基础,应用抑制性差减杂交(SSH)技术对这两种体色的差异表达基因进行了初步研究,以"全红"体色(全身体表为红色)彩鲤的cDNA为检验cDNA(Tester),以"粉玉"体色(全身体表为粉白色)彩鲤的cDNA为比对cDNA(Driver),进行抑制差减杂交.对筛选出的42个阳性克隆进行测序和序列比对,发现16条EST序列,其余26个克隆为空载体序列.在16条EST序列中,6条为鲤的线粒体DNA序列(鲤的线粒体:16S rRNA序列,COⅢ),5条为斑马鱼的相关基因序列(斑马鱼的骺蛋白聚糖、核心蛋白聚糖、光蛋白聚糖等相关基因;斑马鱼新型免疫型受体基因,Olfm1蛋白合成基因;斑马鱼原骨胶原蛋白mRNA),1条为鲫的mRNA序列,2条与无脊椎动物基因相类似(利氏曼原虫的22号基因组基因;蝇的抗菌缩氨酸前体mRNA基因),另2条为未知基因序列;比对结果发现4条序列可能与体色有关.为进一步筛选鲤体色调控相关的功能基因奠定了基础.