中华绒螯蟹部分基因组文库构建和微卫星位点的筛选

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中华绒螯蟹部分基因组文库构建和微卫星位点的筛选
DOI:
                        
                    
CSTR:
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作者:
                        
                        
                    
作者单位:毛瑞鑫,赵莹莹,MAO Rui-xin,ZHAO Ying-ying(中国水产科学院黑龙江水产研究所,黑龙江,哈尔滨,150076;上海海洋大学水产与生命学院,上海201306);鲁翠云,常玉梅,梁利群,孙效文,LU Cui-yun,CHANG Yu-mei,LIANG Li-qun,SUN Xiao-wen(中国水产科学院黑龙江水产研究所,黑龙江,哈尔滨,150076);刘福军,谷晶晶,LIU Fu-jun,GU Jing-jing(大连水产学院生命科学与技术学院,辽宁,大连,116023)
作者简介:
通讯作者:
中图分类号:
基金项目:国家科技基础条件平台建设

Fractional genomic libraries constructing and microsatellites DNA screening of Chinese mitten crab(Eriocheir sinensis)

Author:

Affiliation:

MAO Rui-xin1,2,LU Cui-yun1,LIU Fu-jun3,ZHAO Ying-ying1,GU Jing-jing3,CHANG Yu-mei1,LIANG Li-qun1,SUN Xiao-wen1(1.Heilongjiang River Fisheries Research Institute,Chinese Acadamy of Fishery Sciences,Harbin 150076,China,2.College of Fisheries and Life,Shanghai Ocean University,Shanghai 201306,3.College of Life Science and Technology,Dalian Fisheries College,Dalian 116023,China)

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摘要:

利用磁珠富集和放射性杂交相结合构建了中华绒螯蟹基因组微卫星文库.并利用生物素标记的(GA)12探针进行微卫星片段的富集.将得到的片段与pGEM-T载体连接后转入DHSα大肠杆菌中,然后利用γ-32P同位素标记的(GA)12:探针进行第二次筛选.结果共获得微卫星基因组文库1 500个菌,杂交前菌落PCR检测阳性克隆率为62.5%;杂交后得到的阳性克隆为447个,占29.8%.经测序,有248个克隆含有重复次数大于5次的微卫星序列.在得到的微卫星序列中,重复单元除GA/CT外,还观察到三碱基、四碱基重复单元.根据侧翼序列没计引物164对,选择合成50对,通过优化PCR反应条件,结果有21对引物可扩增出清晰可重复的目的条带,15对具有多态性.本研究对中华绒螯蟹基因组资源的开发利用提供了相关资料.

Abstract:

In this experiment,microsatellite DNAs were isolated from Chinese mitten crab(Eriocheir sinensis) genome by combining biotin capture method and radioactive labeling hybridization.The purified ligated-DNA was hybridized with biotin-labeled simple sequence repeats(SSR) probes(GA)12,and the mixture was incubated with streptavidin-coated magnetic beads.The selected single-strand microsatellite DNA was obtained by removing the SSR-uncombined fragments.After capture of target fragments by magnetic beads and PCR a...

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毛瑞鑫,鲁翠云,刘福军,赵莹莹,谷晶晶,常玉梅,梁利群,孙效文.中华绒螯蟹部分基因组文库构建和微卫星位点的筛选[J].上海海洋大学学报,2009,(2).
MAO Rui-xin, LU Cui-yun, LIU Fu-jun, ZHAO Ying-ying, GU Jing-jing, CHANG Yu-mei, LIANG Li-qun, SUN Xiao-wen. Fractional genomic libraries constructing and microsatellites DNA screening of Chinese mitten crab(Eriocheir sinensis)[J]. Journal of Shanghai Ocean University,2009,(2).

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在线发布日期: 2015-10-19
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