经克隆测序获得的采自长江附属湖泊鄱阳湖、太湖、长江口九段沙、钱塘江口、舟山等5个地点55尾刀鲚的mtDNA控制区全序列，分析了这些种群的遗传结构及其演化历史。种群遗传结构分析显示，刀鲚种群具有丰富的遗传多样性（h=0．9993，π=0．0420），表明刀鲚具有较高的环境适应能力和进化潜力。5个群体间的种群分化指数Fst和基因交流值Nm分别为0．013～0．426和0．67～40．14，协同各群体间的K2-P遗传距离与AMOVA分析结果均表明，长江及其南部邻近水域的刀鲚没有发生明显的地理分化。以线粒体控制区全序列构建的NJ树揭示，5个群体的个体组成了2个谱系，但这2个谱系与地理分布并不相关。中性检验和网络亲缘关系分析皆表明，刀鲚群体有过种群的扩张历史，扩张时间约在更新世末期的0．17～0．13百万年前，受到更新世末期海平面升降的影响。