九段沙湿地是长江口新生成的沙洲，有鱼类128种，分隶于18目48科。其中河口性和近海性鱼类各约占l／3，淡水鱼类l／5，沿岸性和江海洄游鱼类各约占l／10。鱼类区系处于长江下游至东海的过度类型。在这些鱼类中，成鱼体长不足20cm的小型鱼类约占总数的l／4；体长超过50cm的大型鱼类只约占l／10，中型鱼类超过3／5。几乎没有以浮游植物为主食的鱼类，凶猛鱼类也仅几种，大多数以底栖生物、有机碎屑或浮游动物为主食。除河口和洄游性鱼类，其他生态类群的出现有明显季节性。九段沙鱼类不仅具有很强的物种多样性、河口代表性和生态类群多样性，还包含着5种国家级保护动物。保护所产生的感染力，不仅局限于长江河口本身，还影响到整个长江以及东海北部和黄海南部沿海的鱼类资源。